整编后，御卫军三千人，以原殿前司副都指挥使张宗颜为都统；京卫军五万人，由以原殿前司都指挥使姚仲友为都统；御卫军和京卫军皆归皇帝直属，这也是赵构同意屯驻地方的国防军三万以下兵力调拨由枢密院可决的原因之一。
京军整编后，卫希颜军队整编的重头戏放在驻防江北和长江重镇的五十三万国防军方面。
经裁汰老弱，江北国防军陆军总计三十万，长江水军十万。
江北陆军被整编为十个军，每军皆为二万五千人（战斗人员），军下设师、部、都、队、伍五级，兵员按五五制编配：即五伍为一队、五队为一都、五都为一部、五部为一师，一个军则设五至八个师不等。
各军以都统制为最高长官，整编后番号鲜明、兵员配备齐整，消除了原来的混乱状况，有利于军令的贯通施行和军事作训。
一支军队的作战力，除了人员和武器装备外，更取决于士兵的战斗意志和信念。而士兵意志的形成要靠军队的长期影响塑造。因此，在军队整编完成后，卫希颜的重心便着手树立国防军的荣誉信仰。
她在巡视江北驻军时，曾在各军选拔出一百二十名能说会道又识字的中下级武官，召至临安集训，亲自上课，进行“政治洗脑教育”；兵改政令发布后，枢府授命这些武官担任宣谕使，分派回原军中进行宣教：传军规，树标语、唱军歌等等……掀起了一场轰轰烈烈的政治思想教育。
三个月后，卫希颜将一百二十名宣谕使提拔到监军职位，最低者为部监军，个别优秀的擢升到都监军，甚至师监军。监军的职责不同于以往——不是皇帝派去监督将帅的特使，不得干扰将帅用兵，主要担负士兵的思想工作和后勤管理。
这些被提为监军的武官原官阶多在四十五阶以下，每三年方能按军功、武技升迁一两阶，此时却只动动嘴皮子功夫，便被卫希颜提升了四、五阶，干得最好的那位武官甚至被超擢到二十二阶的武翼大夫——这需要多大的军功才能升上去？！
突如其来的飞升刺激了新任的监军们，人人激情高涨，在被卫希颜召回枢府进行第二次“洗脑”集训后，一个雄纠纠气昂昂地上了任，立誓要将所在军队打造成钢铁铸就的精神长城……
果然半年后，那些配备监军的部队与未配备监军的部队在士气上有了明显差别。原本对监军设置不以为然的将领们纷纷转了念，强烈要求设立监军，到南北战争爆发时，南廷国防军的精神面貌已焕然一新！
军在队政治教育开展的同时，卫希颜又从各军抽调声誉良好的武官，授为军纪使，交叉派到各军严查军中贪污克扣之风，毫不手软的公开斩杀巨贪将领；同时设赏功房，将中书省掌管的军功奖赏权归到枢密院，枢府赏功房与刑房联手，严明军队奖惩，整肃将领冒功抢功之风。
与此同时，枢府颁行《帝国军人铁律》和《国防军军队条例》，在军中肃军风、严军纪。
经过半年的兵改整顿，杀了十几员贪贿将领，严惩不守军规的士兵，军队之风为之一正。
在军队作训方面，枢府颁布《行军用师新法》，规定步军、骑军、水军的操练方式，给各级将领提供了有章可循的练兵之法，一扫各军混乱无章的作训状况，有利于军队整体战斗素质的提升。
两年前，名可秀曾要求武技堂长老名重生将武功招式化繁为简，创立适用于战阵厮杀的刀技、枪技、弓技和徒手技，并分单兵作战和联手作战之技，卫希颜翻阅后不由拍案大赞，立即着令印制成册，颁发各军训习，并从名花流武技堂抽调一百弟子，分赴各军担任教官。
卫希颜又参照后世的军事演习，规定每年的七月举行全军大比武，考查军队风仪、军阵训练和士兵武技，并设立荣誉军功，将各军的比武成绩作为高级将领的晋升依据之一。
经过半年多的兵改整合，由杂牌军揉合而成的帝国国防军终于初步具有了卫希颜心目中的军人风范。
作者有话要说：说明：
宋代的官衔制度非常复杂。主要是官衔种类繁多，各成系列，加在一起，往往长达几十字，甚至上百字，看得人眼花缭乱，还不知所云【叹气呀叹气】。
其中：武将有品和职，品为官品（武将官品低，最高为正五品的通侍大夫，然后便是正二品的太尉）；武将的职分阶官和差遣，差遣为实际职务，相当于军长、团长之类，阶官为虚衔，相当于上校、上尉之类。武阶官共有52阶（太尉为1阶），每一品均有数个武阶，如从七品就包括42阶-35阶，武将升官一般先是升阶。
故人风波
南廷兵制改革拉开帷幕时，北方的宋金战局也发生了翻天覆地的变化。
六月下旬时金国皇太弟的突然“病逝”，引起金国朝局各方势力的蠢蠢欲动。